Im Gegensatz zur Nachkriegszeit sind heutzutage viele Kinder eher zu dick als zu dünn, weshalb die Schulmilch nun einer ungesunden, unausgewogenen Ernährung entgegensteuern und mithilfe der zusätzlichen Portion Milch eine gesunde Ernährung schmackhaft machen soll. Schließlich steckt Milch voller Calcium, Proteine und Vitamine wie Vitamin B2. Doch Kritiker wie die Organisation Foodwatch setzen dem entgegen, dass Schulmilch auch noch heutzutage wie in den 70er Jahren nur das Image und den Absatz von Milch und Milchprodukten fördert, denn bis 2017 wurde unter dem gesunden Image vor allem Schulmilch mit süßen Zuckerzusätzen getrunken: neun von zehn Schülern trinken in der Schule lieber Vanillemilch, Kakao oder Erdbeermilch statt ungesüßter Vollmilch.
Begleitet wird das EU-Schulmilchprogramm von pädagogischen Maßnahmen wie Besuchen auf einem Bauernhof oder Schwerpunktthemen im Unterricht, die die Kinder für eine gesunde Ernährung, nachhaltige Lebensmittel und die Vielfältigkeit der Landwirtschaft begeistern sollen.
Im Jahr 2017 wurde basierend auf dieser Kritik das Schulmilchprogramm mit dem EU-Schulobstprogramm zusammengeführt. Seitdem dürfen nur noch ungesüßte Milchprodukte subventioniert werden. Dafür ist die Schulmilch in vielen Bundesländern mittlerweile sogar kostenlos, sodass die Schulmilch nun auch Kindern zugute kommen kann, die mit weniger Geld bzw. weniger gesunder Ernährung aufwachsen.
Das Geld für die Schulmilch kommt einerseits von der EU: Sie zahlt pro Tag und Schüler etwa 4,5 Cent für 250 ml Milch bzw. vergleichbare Milchprodukte. Im Schuljahr 2022/23 hat die EU 9,6 Mio. Euro für die Schulmilch in Deutschland ausgegeben. Den Rest zahlen oft die Bundesländer, alternativ aber auch Fördervereine oder die Familien selbst.
Trotz allem trinken immer weniger Kinder und Jugendliche Schulmilch. 2018 waren es noch 20.000 Tonnen Schulmilch, die in Deutschland getrunken wurden, mittlerweile dürften es noch weniger sein. Immerhin profitieren in Thüringen 19.000 Schüler von dem Schulmilchprogramm – nur in Nordrhein-Westfalen und Berlin wird mehr Schulmilch getrunken. Kostenlose Schulmilch können in Thüringen Grundschüler (sowie Schüler an Gemeinschaftsschulen bis Klasse 4), Kita-Kinder und Kinder an Förderschulen trinken.