Vermutlich wird seit Jahrhunderten auf Bauernhöfen Altenburger Ziegenkäse hergestellt. Erstmals schriftlich erwähnt wurde er zwar erst im Jahr 1862, aber schon damals galt er als traditioneller Käse. Es dauerte noch bis zum Jahr 1897, bis er erstmals in einer Käserei hergestellt wurde. Bis heute gibt es Altenburger Ziegenkäse nur von der Käserei Altenburger Land in Hartha (Thüringen) und von der Käsemanufaktur Falkenhain (Sachsen) zu kaufen.
Seit dem Jahr 1997 trägt Altenburger Ziegenkäse das Siegel geschützte Ursprungsbezeichnung. Dadurch darf er nur im Altenburger Land, Gera, dem Landkreis Greiz, im Burgenlandkreis und Leipziger Umland hergestellt werden. Auch die Milch für den Käse darf nur von dort kommen. Manche sagen, dass die Milch hier anders schmeckt, weil angeblich besonders viel Klee in der Region wächst und so in großen Teilen in den Mägen der Kühe und Ziegen landen würde. Vielleicht liegt es aber auch einfach am Kümmel, der dem Käse beigesetzt wird und braune Flecken im ansonsten milden, blassgelben, geschmeidigen Käseteig hinterlässt.
Altenburger Ziegenkäse hat die klassische zylindrige Form eines Weichkäses. Er ist immer 3 cm hoch, hat einen Durchmesser von etwa 11,5 cm und wiegt 250 g. Im Normalfall enthält er 30 % Fett i. Tr. und neben Kuhmilch mindestens 15 % Ziegenmilch. Der geringe Ziegenmilch-Anteil hat historische Gründe: Früher hielt jede Bauernfamilie ein paar Ziegen und Käse. Da die Ziegenmilch aber meistens direkt getrunken wurde, blieb für Käse kaum etwas übrig und wurde daher mit Kuhmilch „gestreckt“.